MTs Al Falaah Pandak merupakan salah satu lembaga pendidikan di bawah Yayasan LP Ma’arif NU dan pengelolaannya di bawah Yayasan Pondok Pesantren Al Imdad, sehingga pendidikan siswa dilaksanakan secara terpadu dan terintegrasi antara ilmu umum dan ilmu agama. Dengan melihat segala potensi dan juga analisis konteks MTs Al Falaah Pandak dimana 100 persen siswanya adalah santri mukim PP Al Imdad, maka program unggulan di MTs ini dapat ditentukan. Adapun program unggulan yang ada di MTs Al Falaah adalah:
1. Program peningkatan potensi dalam bidang akademik, yaitu pembinaan siswa yangberpotensi dalam mata pelajaran IPA, Matematika, dan IPS untuk mempersiapkansiswa dalam mengikuti kompetisi baik tingkat kabupaten, provinsi, maupun nasional.
2. Program peningkatan potensi berbahasa, yakni English Corner dan Muhadatsahyang melatih siswa dalam kemampuan berbahasa Inggris dan bahasa Arab untukmenyiapkan siswa menghadapi persaingan di dunia global.
3. Program Tahfidz Al Qur’an
Selain itu, karena siswa MTs Al Falaah juga merupakan santri dari Pondok Pesantren Al Imdad, sehingga siswa MTs Al Falaah Pandak juga memiliki keunggulan yang didapatkan dari program unggulan yang ada di pondok pesantren. Beberapa program unggulan di pondok pesantren adalah
1. Program madrasah diniyah yang dilaksanakan selepas kegiatan formal madrasahsangat membantu meningkatkan kemampuan siswa dalam pengetahuan keagamaan.
2. Program Cepat Bisa Baca Kitab Kuning dengan Metode 33 membekali siswa kompeten dalam mempelajari ilmu agama.
3. Peningkatan Potensi Santri dan life skill yang dilaksanakan bagi para santri seperti dalam bidang olahraga, bidang seni serta menjaga kebersihan lingkungan madrasah dan pondok, serta pemilahan sampah. Hal ini bertujuan untuk membekali siswa dalam hidup bermasyarakat.